Бактеріологічна лабораторія проводить дослідження на наявність аеробної та факультативно анаеробної мікрофлори з крові, спино-мозкової рідини, стерильних рідин, сечі, виділень з ока, вуха, носа, зіву, харкотиння,статевих органів, ран, грудного молока, катетера, випорожнень.
Визначає мікробний пейзаж кишківника(дисбактеріоз) та робить постановку чутливістей мікроорганізмів до антибактеріальних препаратів диско-дифузійним методом за методологією EUCAST.